Bil je nezakonski sin neznane matere in domnevno tedanjega komendatorja
barona Petra Jakoba Testaferrate, ki je bil tisti čas
župnik v
Komendi. Neznana mati je otroka pustila pred vrati komendske graščine, ob njem pa potrdilo o
krstu. Komendski
kaplan Andrej Rogelj ga je dal v rejo k družini Basaj (Jerasovim) v
Vopolje pri
Cerkljah, kjer je bil zelo dobro sprejet. Skupaj z Basajevim domačim sinom Jernejem je Glavar obiskoval
jezuitski kolegij v
Ljubljani in leta 1738 šolanje nadaljeval v
Gradcu, kjer je leta 1742 dosegel naziv
magistra teologije in
filozofije. Pot do duhovništva mu je bila sprva zaprta, ker je bil nezakonski sin. Po posredovanju njegovega očeta barona Testaferrate je julija 1743 prejel
papeževo dovoljenje in bil septembra 1744 na
Reki posvečen v
duhovnika. Istega leta je postal najemnik
malteškega posestva v Komendi in komendski
kaplan. Leta 1751 je bil imenovan župnika.
Glavar je zelo dejavno skrbel za duhovni in telesni blagor svojih župljanov in podložnikov, za kar je namenil precejšen del svojih dohodkov. Leta 1752 je v Komendi zgradil
beneficiatsko hišo, v kateri je uredil
knjižnico, ki še danes hrani 1399 knjig, izdanih večinoma v času njegovega življenja. Beneficiatska hiša je bila zgrajena po tem, ko je Glavar zaradi pastoralnih potreb po tretjem duhovniku v komendski župniji, za njegovo vzdrževanje leta 1751 ustanovil beneficij. Beneficiatsko hišo je poslikal slikar
Franc Jelovšek, ki je zasnoval tudi glavni
oltar in
prižnico v cerkvi. Leta 1753 je s pomočjo barona Testaferrate iz
rimskih katakomb sv. Priscile pridobil za Komendo
relikvije sv. Urbana, zaradi katerih je
komendska župnijska cerkev postala cilj številnih
romarjev. Leta 1760 je v Komendi ustanovil zasebno šolo z
internatom za revne in nadarjene učence. Leta 1762 je začel z zidavo
cerkve sv. Ane v
Tunjicah, kjer je na istem mestu sicer že prej stala cerkev posvečena isti svetnici. V želji po poglobitvi verskega življenja v župniji je začel leta 1752 obiskovati ljudi na domovih, jih poučevati in preverjati njihovo versko znanje. Glavarjevemu zgledu so morali po ukazu goriškega
nadškofa Karla Mihaela Attemsa
(it) slediti tudi drugi duhovniki
goriške nadškofije.
Leta 1765 mu
Malteški viteški red ni več podaljšal zakupne pogodbe. Zato se je naslednje leto umaknil iz Komende na
Dolenjsko, kjer je pri
Trebnjem kupil graščino Lanšprež. Posestvo je moderniziral in obnovil. Prvi na
Kranjskem je uvedel
mlatilni stroj. Na Lanšprežu se je Glavar posebej posvetil
čebelarstvu, s katerim se je ukvarjal tudi že v Komendi. Imel je okrog 200 panjev. Leta 1767 je postal sodelavec novoustanovljene
Kmetijske družbe za Kranjsko in leta 1768 na njeno prošnjo za avstrijsko vlado v nemščini napisal priročnik
Vorschlag Beantworstung zur Verbesserung der Bienen Zuht in denen königlichen Erbländern, leta 1781 pa poročilo in predlog, da bi se tudi na Kranjskem uveljavil čebelarski patent iz leta 1775, da bi se ustanovila čebelarska šola in organizirale čebelarske zadruge. Leta 1776 je prevedel in izpopolnil knjižico
Antona Janše Abhandlung vom Schwärmen der Bienen. Prizadeval si je za pripravo učnih pripomočkov v slovenščini.
Glavar je umrl na svojem posestvu v Lanšprežu. Tri dni pred svojo smrtjo je svoje premoženje v oporoki zapustil siromašnim, bolnim in ostarelim ljudem iz komendske župnije ter lanšperške gospoščine. Iz zapuščine so leta 1804 v Komendi sezidali bolnišnico – Glavarjev špital, v kateri so številni upravičenci dobili dom, zdravstveno ter duhovno oskrbo. Leta 1999 je bila v Komendi ustanovljena dobrodelna organizacija Ustanova Petra Pavla Glavarja, katere dejavnost je pospeševanje izobraževanja in razvoja talentov mladih in pomoč ostarelim ter drugim pomoči potrebnim, pri čemer je delež prve dejavnosti pretežni del njenega delovanja.